Chińskie tłumaczenie
Dziękujemy za odwiedzenie Nature.com. Używasz wersji przeglądarki z ograniczoną obsługą CSS. Aby uzyskać najlepsze wrażenia, zalecamy korzystanie z zaktualizowanej przeglądarki (lub wyłączenie trybu zgodności w programie Internet Explorer). Ponadto, aby zapewnić stałe wsparcie, wyświetlamy witrynę bez stylów i JavaScript.
Wyświetla karuzelę trzech slajdów na raz. Użyj przycisków Poprzedni i Następny, aby przejść przez trzy slajdy na raz, lub użyj przycisków suwaka na końcu, aby przejść przez trzy slajdy na raz.
Od wybuchu choroby koronawirusowej (COVID-19) w 2019 r. na całym świecie opracowano wiele komercyjnych testów amplifikacji kwasów nukleinowych (NAAT), które stały się standardowymi testami. Chociaż szybko opracowano i zastosowano kilka testów w laboratoryjnych testach diagnostycznych, ich skuteczność nie została oceniona w różnych warunkach. Dlatego też celem tego badania była ocena skuteczności testów Abbott SARS-CoV-2, Daan Gene, BGI i Sansure Biotech przy użyciu Composite Reference Standard (CRS). Badanie przeprowadzono w Ethiopian Public Health Institute (EPHI) od 1 do 30 grudnia 2020 r. 164 próbki nosogardła pobrano przy użyciu zestawu QIAamp RNA mini i systemu przygotowania próbek DNA Abbott. Spośród 164 próbek 59,1% było dodatnich, a 40,9% ujemnych pod kątem CRS. W przypadku Sansure Biotech wskaźnik dodatni był znacząco niższy w porównaniu do CRS (p < 0,05). W przypadku Sansure Biotech wskaźnik dodatni był znacząco niższy w porównaniu do CRS (p < 0,05). Положительные результаты Sansure Biotech jest niezależny od CRS (p < 0,05). Pozytywne wyniki uzyskane w badaniu Sansure Biotech były istotnie niższe w porównaniu z badaniem CRS (p < 0,05).CRS 相比, Sansure Biotech 的阳性率显着较低(p < 0,05).CRS 相比, Sansure Biotech 的阳性率显着较低(p < 0,05). Sansure Biotech wydało pozytywną opinię na temat CRS (p < 0,05). W przypadku Sansure Biotech odnotowano znacznie mniej pozytywnych wyników w porównaniu z CRS (p < 0,05).Całkowita zgodność czterech analiz wynosiła 96,3–100% w porównaniu z CRS. Oprócz niskiego wskaźnika dodatniości testu Sansure Biotech, wydajność czterech testów była niemal porównywalna. W związku z tym test Sansure Biotech [Research Only (RUO)] wymaga dodatkowej walidacji do stosowania w Etiopii. Na koniec należy rozważyć dodatkowe badania w celu oceny testów z odpowiednimi oświadczeniami producenta.
Badania laboratoryjne są częścią Strategicznego planu Światowej Organizacji Zdrowia (WHO) dotyczącego gotowości i reagowania na chorobę koronawirusa 2019 (COVID-19) (SPRP). WHO zaleca, aby kraje budowały potencjał laboratoryjny w celu poprawy gotowości, właściwego zarządzania przypadkami, czujności i szybkiej reakcji na wyzwania zdrowia publicznego. Sugeruje to, że rola laboratorium jest kluczowa dla scharakteryzowania choroby i epidemiologii pojawiających się czynników zakaźnych oraz kontrolowania ich rozprzestrzeniania się.
Diagnoza COVID-19 wymaga informacji epidemiologicznych i medycznych, osobistych objawów/oznak oraz danych radiograficznych i laboratoryjnych2. Od czasu zgłoszenia wybuchu COVID-19 w Wuhan w Chinach na całym świecie opracowano wiele komercyjnych testów amplifikacji kwasów nukleinowych (NAAT). Reakcja łańcuchowa polimerazy z odwrotną transkrypcją w czasie rzeczywistym (rRT-PCR) jest rutynowo stosowana jako standardowa metoda diagnostyki laboratoryjnej zakażenia ciężkim ostrym zespołem oddechowym 2 (SARS-CoV-2)3. Molekularne wykrywanie SARS-CoV-2 opiera się zazwyczaj na genach N (gen białka nukleokapsydu), E (gen białka otoczki) i RdRp (gen polimerazy RNA zależnej od RNA) w regionie ORF1a/b (ramka odczytu 1a/b). genu) zidentyfikowanym z genomu wirusa. Uważa się, że są to główne konserwatywne regiony występujące w genomach wirusów w celu rozpoznania wirusa4. Spośród tych genów geny RdRp i E charakteryzują się wysoką czułością analityczną, natomiast gen N charakteryzuje się niską czułością analityczną5.
Wydajność testów PCR może się różnić w zależności od różnych czynników, takich jak: odczynniki ekstrakcyjne, odczynniki do amplifikacji/wykrywania, metoda ekstrakcji, jakość urządzenia PCR i inne instrumenty. Od kwietnia 2020 r. ponad 48 różnych urządzeń diagnostycznych z dziewięciu krajów otrzymało zezwolenie na użycie w nagłych wypadkach (EUA) w diagnostyce COVID-196. W Etiopii ponad 14 platform PCR w czasie rzeczywistym jest używanych do wykrywania SARS-CoV-2 metodą PCR w 26 instytucjach zdrowia publicznego, w tym ABI 7500, Abbott m2000, Roche 48000 i Quant-studio7. Ponadto dostępne są różne zestawy testów PCR, takie jak test Daan Gene, test Abbott SARS-CoV-2, test Sansure Biotech i test SARS-CoV-2 BGI. Chociaż rRT-PCR jest wysoce czuły, niektórzy pacjenci z COVID-19 zgłaszają fałszywie ujemne wyniki z powodu niewystarczającej liczby kopii wirusowego kwasu rybonukleinowego (RNA) w próbkach z powodu niewłaściwego pobierania, transportu, przechowywania i obsługi oraz badań laboratoryjnych. warunki i działania personelu8. Ponadto niewłaściwe obchodzenie się z próbką lub kontrolą, ustawienie progu cyklu (Ct) i reaktywność krzyżowa z innymi patogennymi kwasami nukleinowymi lub nieaktywnym/resztkowym RNA SARS-CoV-2 mogą prowadzić do fałszywie dodatnich wyników w testach rRT-PCR9. Zatem jasne jest, że testy PCR mogą rzeczywiście identyfikować nosicieli fragmentów genów, ponieważ nie potrafią nawet odróżnić naprawdę aktywnych genów wirusowych, więc testy mogą identyfikować tylko nosicieli, a nie pacjentów10. Dlatego ważne jest, aby ocenić skuteczność diagnostyczną przy użyciu standardowych metod w naszym środowisku. Chociaż wiele odczynników NAAT jest dostępnych w Ethiopian Public Health Institute (EPHI) i w całym kraju, nie zgłoszono jeszcze żadnej porównawczej oceny ich skuteczności. Dlatego celem niniejszego badania była ocena porównawcza skuteczności dostępnych na rynku zestawów do wykrywania SARS-CoV-2 metodą rRT-PCR przy użyciu próbek klinicznych.
W badaniu wzięło udział łącznie 164 uczestników z podejrzeniem COVID-19. Większość próbek pochodziła z ośrodków leczenia (118/164 = 72%), podczas gdy pozostałych 46 (28%) uczestników pochodziło z ośrodków niepodlegających leczeniu. Spośród uczestników nieleczonych w ośrodku 15 (9,1%) miało podejrzenie kliniczne przypadków, a 31 (18,9%) miało kontakty z potwierdzonymi przypadkami. Dziewięćdziesięciu trzech (56,7%) uczestników było płci męskiej, a średni (± SD) wiek uczestników wynosił 31,10 (± 11,82) lat.
W tym badaniu określono dodatnie i ujemne wskaźniki czterech testów na COVID-19. Tak więc dodatnie wskaźniki testu Abbott SARS-CoV-2, testu Daan Gene 2019-nCoV, testu SARS-CoV-2 BGI i testu Sansure Biotech 2019-nCoV wyniosły odpowiednio 59,1%, 58,5%, 57,9% i 55,5%. Pozytywne i negatywne wyniki złożonego standardu odniesienia (CRS) wyniosły odpowiednio 97 (59,1%) i 67 (40,9%) (Tabela 1). W tym badaniu definicja CRS została oparta na zasadzie „dowolny pozytywny”, zgodnie z którą z czterech wyników testów dwa lub więcej wyników testów, które dały ten sam wynik, uznawano za prawdziwie dodatnie lub ujemne.
W tym badaniu znaleźliśmy ujemną zgodność procentową (NPA) wynoszącą 100% (95% CI 94,6–100) dla wszystkich analiz w porównaniu z CRS. Analiza Sansure Biotechnology wykazała minimalną PPA wynoszącą 93,8% (95% CI 87,2–97,1), a analiza Daan Gene 2019-nCoV miała ogólną zgodność wynoszącą 99,4% (95% CI 96,6–99,9). Natomiast ogólna zgodność między testem SARS-CoV-2 BGI a testem Sansure Biotech 2019-nCoV wynosiła odpowiednio 98,8% i 96,3% (Tabela 2).
Współczynnik zgodności kappa Cohena między wynikami testu CRS i Abbott SARS-CoV-2 był w pełni spójny (K = 1,00). Podobnie wartości kappa Cohena wykryte przez Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI i Sansure Biotech 2019-nCoV są również w pełni zgodne z CRS (K ≥ 0,925). W tej analizie porównawczej test chi-kwadrat (test McNemara) wykazał, że wyniki testu Sansure Biotech 2019-nCoV istotnie różniły się od wyników CRS (p = 0,031) (Tabela 2).
Jak pokazano na rys.1 odsetek najniższej wartości Ct (< 20 Ct) w teście Abbott SARS-CoV-2 (połączony gen RdRp i N) wynosił 87,6%, a wartość Ct genu ORF1a/b w teście Sansure Biotech 2019-nCoV wykazała, że odsetek niskiej wartości Ct (< 20 Ct) wynosił 50,3%, a wysokiej wartości Ct (36–40 Ct) wynosił 3,2%. 1 odsetek najniższej wartości Ct (< 20 Ct) w teście Abbott SARS-CoV-2 (połączony gen RdRp i N) wynosił 87,6%, a wartość Ct genu ORF1a/b w teście Sansure Biotech 2019-nCoV wykazała, że odsetek niskiej wartości Ct (< 20 Ct) wynosił 50,3%, a wysokiej wartości Ct (36–40 Ct) wynosił 3,2%.Jak pokazano na rys.1, процент наименьшего значения Ct (< 20 Ct) анализа Abbott SARS-CoV-2 (комбинированный ген RdRp и N) составил 87,6%, а значение Ct гена ORF1a/b analiza Sansure Biotech 2019-nCoV показало что процент низкого значения Ct (< 20 Ct) составлял 50,3%, а высокое значение Ct (36–40 Ct) skład 3,2%. 1, odsetek najniższej wartości Ct (< 20 Ct) analizy Abbott SARS-CoV-2 (połączony gen RdRp i N) wyniósł 87,6%, a wartość Ct analizy genu ORF1a/b Sansure Biotech 2019-nCoV wykazała, że odsetek niskiej wartości Ct (< 20 Ct) stanowił 50,3%, a wysoka wartość Ct (36–40 Ct) stanowiła 3,2%.如图1 所示, Abbott SARS-CoV-2 检测 (结合RdRp 和N 基因) 的最低Ct 值百分比 (< 20 Ct) 87,6%, Sansure Biotech 2019-nCoV 检测的ORF1a/b 基因Ct 值显示低Ct 值(< 20 Ct) 的百分比为50,3%，高Ct 值(36–40 Ct)的百分比为3,2%. Jak pokazano na rysunku 1, najniższy procent wartości Ct (< 20 Ct) testu Abbott SARS-CoV-2 (kombinacja genu RdRp i N) wynosi 87,6%, wartość Ct genu ORF1a/b testu Sansure Biotech 2019-nCoV wykazuje niski procent Ct(< 20 Ct) wynoszący 50,3%, a procent Ct(36–40 Ct) wynosi 3,2%. Как показано на рисунке 1, анализ Abbott SARS-CoV-2 (сочетающий гены RdRp и N) имел самое низкое процентное obniżone Ct (< 20 Ct) przy 87,6%, а значение Ct гена ORF1a/b в исследовании Sansure Biotech 2019- Анализ nCoV показал низкий Ct. Jak pokazano na rysunku 1, test Abbott SARS-CoV-2 (łączący geny RdRp i N) miał najniższy procent wartości Ct (< 20 Ct) na poziomie 87,6%, podczas gdy wartość Ct genu ORF1a/b w badaniu Sansure Biotech 2019 – Analiza nCoV wykazała niską wartość Ct. Процент значений (< 20 Ct) составил 50,3%, а процент высоких значений Ct (36–40 Ct) составил 3,2%. Odsetek wartości (<20 Ct) wynosił 50,3%, a odsetek wysokich wartości Ct (36–40 Ct) 3,2%.Test Abbott SARS-CoV-2 B wykazał wartości Ct powyżej 30. Z drugiej strony w badaniu BGI SARS-CoV-2 gen ORF1a/b miał wysoką wartość Ct (>36 Ct), a odsetek ten wynosił 4% (rys. 1). Z drugiej strony w badaniu BGI SARS-CoV-2 gen ORF1a/b miał wysoką wartość Ct (>36 Ct), a odsetek ten wynosił 4% (rys. 1). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a/b имел высокое значение Ct (> 36 Ct), процент которого составлял 4% (ryc. 1). Z drugiej strony w analizie BGI gen SARS-CoV-2 ORF1a/b charakteryzował się wysoką wartością Ct (>36 Ct), której odsetek wyniósł 4% (rys. 1).另一方面，在BGI SARS-CoV-2 检测中，ORF1a/b 基因具有高Ct 值（> 36 Ct）的百分比为4%（图1）。 Z drugiej strony, w wykrywaniu SARS-CoV-2 przez BGI odsetek genu ORF1a/b o wysokiej wartości Ct (>36 Ct) wynosi 4% (rysunek 1). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 процент генов ORF1a/b z высокими значениями Ct (>36 Ct) составил 4% (рис. 1). Z kolei w analizie BGI SARS-CoV-2 odsetek genów ORF1a/b o wysokich wartościach Ct (>36 Ct) wyniósł 4% (rys. 1).
W tym badaniu pobraliśmy 164 próbki nosogardła. W przypadku wszystkich typów testów izolację i amplifikację RNA przeprowadzono przy użyciu metod i zestawów zalecanych przez odpowiednich producentów.
Badanie to wykazało, że test Abbotta na SARS-CoV-2 ma taką samą skuteczność wykrywania jak CRS, ze 100% pozytywnymi, negatywnymi i ogólnymi wynikami zgodności. Zgodność kappa Cohena wynosi 1,00, co wskazuje na pełną zgodność z CRS. Podobne badanie przeprowadzone przez University of Washington w USA wykazało, że ogólna czułość i swoistość testu Abbotta na SARS-CoV-2 wynosiła odpowiednio 93% i 100% w porównaniu z testem laboratoryjnie ustalonym (LDA) CDC. 11. System wykrywania SARS-CoV-2 firmy Abbott opiera się na jednoczesnym łączonym wykrywaniu genów N i RdRp, ponieważ oba geny są bardziej czułe, minimalizując fałszywie negatywne wyniki12. Badanie przeprowadzone w Wiedniu w Austrii wykazało również, że duże objętości próbek ekstrakcyjnych i objętości eluentu detekcyjnego minimalizowały efekty rozcieńczenia i zwiększały wydajność wykrywania13. W związku z tym idealne dopasowanie testu SARS-CoV-2 firmy Abbott można połączyć z platformowym systemem wykrywania, który jednocześnie wykrywa geny kombinatoryczne, ekstrahuje dużą liczbę próbek (0,5 ml) i wykorzystuje dużą ilość eluentu (40 µl).
Nasze wyniki pokazały również, że skuteczność wykrywania testu genetycznego Daan była niemal taka sama jak CRS. Jest to zgodne z badaniem14 przeprowadzonym na Uniwersytecie Anhui w Huainan w Chinach i oświadczeniem producenta o 100% pozytywnej zgodności. Pomimo doniesień o spójnych wynikach, jedna próbka była fałszywie ujemna po ponownym przetestowaniu tego samego eluatu, ale była dodatnia w testach Abbott SARS-CoV-2 i Sansure Biotech nCoV-2019. Sugeruje to, że wyniki mogą się różnić w zależności od rodzaju testów. Jednakże w badaniu przeprowadzonym w Chinach15 wynik testu genu Daan istotnie różnił się (p < 0,05) od referencyjnego testu laboratoryjnego. Jednakże w badaniu przeprowadzonym w Chinach15 wynik testu genu Daan istotnie różnił się (p < 0,05) od referencyjnego testu laboratoryjnego. Тем не менее, в исследовании, проведенном в Китае15, результат анализа Daan Gene значительно отличался (p < 0,05) от их лабораторного эталонного analiza. Jednakże w badaniu przeprowadzonym w Chinach15 wyniki analizy Daana Gene'a znacząco różniły się (p < 0,05) od ich referencyjnej analizy laboratoryjnej.然而,在中国进行的研究中15,大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异 (p < 0,05).然而,在中国进行的研究中15,大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差<0,05 Однако в исследовании, проведенном в Китае15, результаты генетического teста Daan значительно отличались (p < 0,05) по сравнению с его эталонным лабораторным тестом. Jednakże w badaniu przeprowadzonym w Chinach15 wyniki testu genetycznego Daana znacząco różniły się (p < 0,05) od wyników referencyjnego testu laboratoryjnego.Ta rozbieżność może wynikać z czułości testu referencyjnego w wykrywaniu SARS-CoV-2 i dalsze badania mogą okazać się istotne dla ustalenia przyczyny.
Ponadto nasze badanie oceniło porównawczą wydajność testu SARS-CoV-2 BGI z CRS, wykazując doskonałą dodatnią zgodność procentową (PPA = 97,9%), ujemną zgodność procentową (NPA = 100%) i ogólną zgodność procentową według płci (OPA). ). = 98,8%). Wartości Kappa Cohena wykazały dobrą zgodność (K = 0,975). Badania w Holandii16 i Chinach15 wykazały spójne wyniki. Test SARS-CoV-2 BGI to test wykrywania pojedynczego genu (ORF1a/b) przy użyciu eluatu amplifikacji/detekcji o objętości 10 µl. Pomimo dobrej zgodności statystycznej z naszymi wynikami referencyjnymi, analiza pominęła dwie pozytywne próbki (1,22%) z całej próbki. Może to mieć ogromne implikacje kliniczne dla dynamiki transmisji zarówno na poziomie pacjenta, jak i społeczności.
Inną analizą porównawczą uwzględnioną w tym badaniu był test Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO); ogólny odsetek zgodności wyniósł 96,3%. Siłę zgodności określono również na podstawie wartości współczynnika Kappa Cohena, która wyniosła 0,925, co wskazuje na pełną zgodność z CRS. Ponownie, nasze wyniki są identyczne z badaniami przeprowadzonymi na Central South University w Changsha w Chinach oraz w Clinical Laboratory Department of Liuzhou People's Hospital w mieście Liuzhou w Chinach17. Mimo że odnotowano powyższą dobrą zgodność statystyczną, test chi-kwadrat (test MacNemara) wykazał, że wynik testu Sansure Biotech różni się statystycznie istotnie od wyniku CRS (p < 0,005). Mimo że odnotowano powyższą dobrą zgodność statystyczną, test chi-kwadrat (test MacNemara) wykazał, że wynik testu Sansure Biotech różni się statystycznie istotnie od wyniku CRS (p < 0,005). Несмотря на то, что было зафиксировано указанное выыше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий Макнемара) показал, что результат анализа Sansure Biotech имеет статистически значимое различие по сравнению z CRS (p < 0,005). Chociaż odnotowano dobrą zgodność statystyczną, test chi-kwadrat (test McNemara) wykazał, że wynik testu Sansure Biotech różnił się statystycznie istotnie od wyniku CRS (p < 0,005).尽管记录了上述良好的统计一致性, 但卡方检验 (MacNemar 检验), 表明, Sansure Biotech 检测的结果与CRS相比具有统计学显着差异(p < 0,005).尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 ， 但 检验 （（macnemar 检验 表明 ， ， sansure biotech 检测 结果与 crs 相比 具有 显着 （(p <0,005。。。。。。。。。。。。。。。。。。。））)) Несмотря на отмеченное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий Макнемара) показал статистически значимую разницу (p < 0,005) между анализом Sansure Biotech i CRS. Pomimo dobrej zgodności statystycznej opisanej powyżej, test chi-kwadrat (test McNemara) wykazał statystycznie istotną różnicę (p < 0,005) pomiędzy testem Sansure Biotech a testem CRS.Sześć próbek (3,66%) okazało się fałszywie negatywnymi w porównaniu z CRS (tabela uzupełniająca 1); jest to bardzo ważne, zwłaszcza biorąc pod uwagę dynamikę transmisji wirusa. Powyższe dane również potwierdzają ten niski wskaźnik wykrywalności15.
W tym badaniu wartości Ct określono dla każdego testu i odpowiedniej platformy, przy czym najniższa średnia wartość Ct została zgłoszona w teście Abbott SARS-CoV-2. Wynik ten może być związany z jednoczesnym łączonym systemem testów genetycznych Abbott do wykrywania SARS-CoV-2. Dlatego też, zgodnie z Rysunkiem 1, 87,6% wyników Abbott SARS-CoV-2 miało wartości Ct poniżej 20. Tylko niewielka liczba wyników próbek (12,4%) mieściła się w zakresie 20-30. Wartości Ct powyżej 30 nie zostały odnotowane. Oprócz stosowania przez Abbott formatu testów genetycznych panelu SARS-CoV-2, wynik ten może być związany z dolną granicą wykrywalności (32,5 kopii RNA/ml)18, która jest trzykrotnie niższa od dolnej granicy firmy wynoszącej 100 kopii RNA/ml. ml)19.
To badanie ma pewne ograniczenia: po pierwsze, nie mamy standardowych/referencyjnych metod [takich jak obciążenie wirusem lub inne testy laboratoryjne (LDA)] z powodu braku zasobów. Po drugie, wszystkie próbki użyte w tym badaniu to wymazy z nosogardła, podczas gdy wyniki nie miały zastosowania do innych typów próbek, a po trzecie, nasza wielkość próby była mała.
W tym badaniu porównano wydajność czterech testów rRT-PCR dla SARS-CoV-2 przy użyciu próbek nosogardła. Wszystkie testy wykrywania miały niemal porównywalną wydajność, z wyjątkiem testu Sansure Biotech. Ponadto w badaniu Sansure Biotech stwierdzono niski wskaźnik wyników pozytywnych w porównaniu z badaniem CRS (p < 0,05). Ponadto w badaniu Sansure Biotech stwierdzono niski wskaźnik wyników pozytywnych w porównaniu z badaniem CRS (p < 0,05). Krzesło, w testeście Sansure Biotech, który jest jednym z kluczowych ekspertów w sprawie CRS (p < 0,05). Ponadto test Sansure Biotech wykazał niski odsetek wyników pozytywnych w porównaniu z CRS (p < 0,05).此外, 与CRS 相比, Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0,05).此外, 与CRS 相比, Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0,05). Lek ten, analizowany przez firmę Sansure Biotech, jest jednym z najbardziej innowacyjnych środków stosowanych w CRS (p < 0,05). Ponadto test Sansure Biotech wykazał niższy wskaźnik wyników pozytywnych w porównaniu z CRS (p < 0,05).Analiza PPA, NPA i ogólnej zgodności przeprowadzona przez Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO) przekroczyła 93,5% przy wartości zgodności Cohen Kappa wynoszącej 0,925. Wreszcie test Sansure Biotech Assay (RUO) wymaga dalszej walidacji przed jego zastosowaniem w Etiopii, a także należy rozważyć dodatkowe badania w celu oceny oświadczeń poszczególnych producentów.
Projekt badania porównawczego przeprowadzono w czterech placówkach służby zdrowia w Addis Abebie: szpitalu Eka Kotebe, ośrodku Millennium Church Treatment Centre, szpitalu Zewooditu Memorial Hospital i szpitalu St. Peter's Tuberculosis Specialist Hospital. Dane zbierano od 1 do 31 grudnia 2020 r. Placówki medyczne do tego badania wybrano celowo na podstawie dużej liczby przypadków i dostępności głównych ośrodków leczenia w mieście. Podobnie, instrumenty, w tym instrumenty do PCR w czasie rzeczywistym ABI 7500 i Abbott m2000, wybrano zgodnie z zaleceniami producentów odczynników NAAT, a do tego badania wybrano cztery zestawy do wykrywania PCR, ponieważ większość laboratoriów w Etiopii używała co najmniej czterech z nich. Test genetyczny, test Abbott SARS-CoV-2, test Sansure Biotech i test SARS-CoV-2 BGI wykonany podczas badania).
Testy na obecność SARS-CoV-2 przeprowadzono od 1 do 30 grudnia 2020 r. przy użyciu 3 ml Viral Transport Medium (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, Chiny) od osób badanych pod kątem COVID-19 skierowanych do EPHI. Próbki z nosogardła zostały pobrane przez przeszkolonych pobieraczy próbek i wysłane do EPHI w potrójnych paczkach. Przed izolacją kwasu nukleinowego każdej próbce przypisano unikalny numer identyfikacyjny. Ekstrakcję przeprowadzono z każdej próbki natychmiast po jej otrzymaniu przy użyciu ręcznych i automatycznych metod ekstrakcji. Tak więc w przypadku automatycznej ekstrakcji Abbott m2000, 1,3 ml (w tym 0,8 ml objętości martwej i 0,5 ml objętości wlotu ekstrakcji) próbki zostało wyekstrahowane z każdej próbki i przepuszczone przez Abbott DNA Sample Preparation System (Abbott Molecular Inc. des Plaines, IL, USA). ) Partia 96 [92 próbki, dwie kontrole detekcji i dwie kontrole bez matrycy (NTC)] została uwzględniona w ogólnym procesie (pobieranie i wykrywanie) dwóch rund SARS-CoV-2 (EUA) w czasie rzeczywistym. Podobnie, do ręcznej ekstrakcji, użyj tych samych próbek (do automatycznej ekstrakcji i wykrywania). Tak więc, w całym procesie, 140 µl próbek zostało podzielonych na alikwoty i wyekstrahowanych przy użyciu zestawu QIAamp Viral RNA Mini Kit (QIAGEN GmbH, Hilden, Niemcy) w partiach po 24 (w tym 20 próbek, dwie kontrole testu i dwa NTC) w ciągu dziewięciu rund. Ręcznie wyekstrahowane eluaty zostały wzmocnione i wykryte przy użyciu termocyklera ABI 7500 przy użyciu testu SARS-CoV-2 BGI, testu Daan Gene i testu Sansure Biotech.
Zautomatyzowana izolacja i oczyszczanie wirusowego RNA SARS-CoV-2 odbywa się zgodnie z zasadą kulek magnetycznych przy użyciu odczynników do przygotowywania próbek DNA firmy Abbott. Inaktywacja próbek i solubilizacja cząstek wirusa odbywa się przy użyciu detergentu zawierającego izotiocyjanian guanidyny w celu denaturacji białka i inaktywacji RNazy. Następnie RNA jest oddzielane od białka poprzez separację fazy stałej przy użyciu krzemionki, tj. soli guanidyniowej i zasadowego pH buforu lizy, co sprzyja wiązaniu kwasów nukleinowych z krzemionką (SiO2). Etap płukania usuwa pozostałe białka i zanieczyszczenia, aby uzyskać klarowny roztwór. Przezroczysty RNA jest izolowany z mikrocząstek na bazie krzemionki przy użyciu pola magnetycznego instrumentu20,21. Z drugiej strony ręczna izolacja i oczyszczanie RNA odbywa się metodą kolumny wirowej przy użyciu wirowania zamiast statywu magnetycznego i oddzielania mikrocząstek od eluentu.
Test wykrywania SARS-CoV-2 w czasie rzeczywistym Abbott (Abbott Molecular, Inc.) wykonano zgodnie z instrukcjami producenta, który otrzymał EUA19,22 od WHO i FDA. W tym protokole inaktywację próbki przed ekstrakcją przeprowadzono w łaźni wodnej w temperaturze 56 °C przez 30 min. Po inaktywacji wirusa ekstrakcję kwasu nukleinowego przeprowadzono na instrumencie Abbott m2000 SP z 0,5 ml VTM przy użyciu systemu przygotowania próbek DNA Abbott m2000. zgodnie z zaleceniami producenta. Amplifikację i detekcję przeprowadzono przy użyciu instrumentu Abbott m2000 RT-PCR, a podwójne wykrywanie przeprowadzono dla genów RdRp i N. ROX) i VIC P (barwnik zastrzeżony) do ukierunkowania i wykrywania kontroli wewnętrznych, umożliwiając jednoczesne wykrywanie obu produktów amplifikacji 19 .
Metoda wykrywania amplifikacji w tym zestawie opiera się na technologii RT-PCR w jednym kroku. Geny ORF1a/b i N zostały wybrane jako regiony konserwatywne przez Daan Gene Technology w celu wykrycia amplifikacji regionu docelowego. Specyficzne startery i sondy fluorescencyjne (sondy genu N znakowane FAM, sondy ORF1a/b znakowane VIC) zostały zaprojektowane w celu wykrywania RNA SARS-CoV-2 w próbkach. Końcowy eluent i mieszaniny główne przygotowano przez dodanie 5 µl eluentu do 20 µl mieszaniny głównej do końcowej objętości 25 µl. Amplifikację i wykrywanie przeprowadzono jednocześnie na instrumencie do PCR w czasie rzeczywistym ABI 750024.
Geny ORF1a/b i N wykryto przy użyciu zestawu Sansure Biotech nCoV-2019 Nucleic Acid Diagnostic Kit (wykrywanie metodą fluorescencyjnej PCR). Przygotuj specyficzne sondy dla każdego genu docelowego, wybierając kanał FAM dla regionu ORF1a/b i kanał ROX dla genu N. Do tego zestawu testowego odczynniki eluentu i master mix są dodawane w następujący sposób: przygotuj 30 µl odczynnika master mix i 20 µl eluowanej próbki do wykrywania/amplifikacji. Do amplifikacji/detekcji użyto Real-time PCR ABI 750025.
Test SARS-CoV-2 BGI to fluorescencyjny zestaw rRT-PCR w czasie rzeczywistym do diagnostyki COVID-19. Region docelowy znajduje się w regionie ORF1a/b genomu SARS-CoV-2, który jest metodą wykrywania pojedynczego genu. Ponadto ludzki gen gospodarczy β-aktyna jest wewnętrznie regulowanym genem docelowym. Mieszankę główną przygotowuje się przez zmieszanie 20 µl odczynnika mieszanki głównej i 10 µl wyekstrahowanej próbki RNA w płytce dołkowej26. Do amplifikacji i wykrywania użyto fluorescencyjnego ilościowego urządzenia do PCR w czasie rzeczywistym ABI 7500. Wszystkie amplifikacje kwasów nukleinowych, warunki przebiegu PCR dla każdego testu i interpretacja wyników zostały wykonane zgodnie z odpowiednimi instrukcjami producenta (Tabela 3).
W tej analizie porównawczej nie użyliśmy metody standardu odniesienia do określenia procentowej zgodności (pozytywnej, negatywnej i ogólnej) i innych parametrów porównawczych dla czterech analiz. Każde porównanie testów przeprowadzono z CRS, w tym badaniu CRS został ustalony na podstawie reguły „dowolny pozytywny”, a wynik został ustalony, a nie na podstawie pojedynczego testu, użyliśmy co najmniej dwóch dopasowanych wyników testów. Ponadto w przypadku transmisji COVID-19 wyniki fałszywie ujemne są bardziej niebezpieczne niż wyniki fałszywie dodatnie. Dlatego też, aby jak najdokładniej stwierdzić „pozytywny” na podstawie wyniku CRS, co najmniej dwa testy muszą być pozytywne, co oznacza, że co najmniej jeden wynik pozytywny prawdopodobnie pochodzi z testu EUA. Tak więc z czterech wyników testów dwa lub więcej wyników testów, które dają ten sam wynik, są uważane za prawdziwie pozytywne lub negatywne18,27.
Dane zbierano przy użyciu ustrukturyzowanych formularzy ekstrakcji danych, wprowadzanie danych i analiza były wykonywane przy użyciu oprogramowania statystycznego Excel i SPSS w wersji 23.0 do statystyk opisowych. Analizowano zgodność dodatnią, ujemną i ogólną, a do określenia stopnia zgodności każdej metody z CRS użyto wyniku Kappa. Wartości Kappa są interpretowane następująco: 0,01 do 0,20 dla łagodnej zgodności, 0,21 do 0,40 dla ogólnej zgodności, 0,41-0,60 dla umiarkowanej zgodności, 0,61-0,80 dla dużej zgodności i 0,81-0,99 dla całkowitej zgodności28.
Uzyskano zgodę etyczną od Uniwersytetu w Addis Abebie, a wszystkie protokoły eksperymentalne dla tego badania zostały zatwierdzone przez Radę ds. Przeglądu Etyki Naukowej Ethiopian Public Health Institute. Numer referencyjny licencji EPHI Ethics to EPHI/IRB-279-2020. Wszystkie metody zostały zastosowane zgodnie z zaleceniami i postanowieniami Ethiopian National Comprehensive Guidelines for the Treatment of COVID-19. Ponadto pisemną świadomą zgodę uzyskano od wszystkich uczestników badania przed wzięciem w nim udziału.
Wszystkie dane uzyskane lub przeanalizowane w tym badaniu są zawarte w tym opublikowanym artykule. Dane potwierdzające wyniki tego badania są dostępne u odpowiedniego autora na uzasadnione żądanie.
Światowa Organizacja Zdrowia. Zalecenia dotyczące strategii badań laboratoryjnych w kierunku COVID-19: tymczasowe wytyczne, 21 marca 2020 r. nr WHO/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 (WHO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. i Gourgoulianis, KI Inteligentna diagnostyka COVID-19 na oddziale ratunkowym: wszystko w praktyce. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. i Gourgoulianis, KI Inteligentna diagnostyka COVID-19 na oddziale ratunkowym: wszystko w praktyce.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. i Gurgulianis, KI Inteligentna diagnostyka COVID-19 na oddziale ratunkowym: wszystko w praktyce.Muliou DS, Pantazopoulos I. i Gurgulyanis KI Inteligentna diagnostyka COVID-19 na oddziałach ratunkowych: kompleksowa integracja w praktyce. Ekspert Reverend Respire. medycyna. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL i St George, K. Ocena testu COVID19 ID NOW EUA. Mitchell, SL i St George, K. Ocena testu COVID19 ID NOW EUA.Mitchell, SL i St. George, K. Ocena testu COVID19 ID NOW EUA.Mitchell SL i St. George K. Ocena testu COVID19 ID NOW EUA. J. Clinical. Virus. 128, 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
WHO. Laboratoryjne wykrywanie choroby koronawirusowej 2019 (COVID-19) u osób podejrzewanych o chorobę u ludzi. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (dostęp 15 sierpnia 2020) (WHO, 2020).
Udugama, B. i in. Diagnoza COVID-19: choroby i narzędzia testowe. ACS Nano 14(4), 3822–3835 (2020).
Syed S. i in. Utworzenie Kolegium Patologów Afryki Wschodniej, Centralnej i Południowej – Regionalnej Szkoły Patologii Bliskiego Wschodu i Afryki Południowej. Afryka. J. Lab. medicine. 9(1), 1-8 (2020).
Ethiopian Institute of Public Health, Federal Ministry of Health. Interim National Strategy and Guidance for Laboratory Diagnosis of COVID-19. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (dostęp 12 sierpnia 2020) (EPHI, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. i Kesselheim, AS Fałszywie ujemne wyniki testów na zakażenie SARS-CoV-2 i ich implikacje. Woloshin, S., Patel, N. i Kesselheim, AS Fałszywie ujemne wyniki testów na zakażenie SARS-CoV-2 i ich implikacje.Voloshin S., Patel N. i Kesselheim AS Fałszywie ujemne wyniki testów na zakażenia SARS-CoV-2 i ich konsekwencje.Voloshin S., Patel N. i Kesselheim AS Fałszywie ujemne testy prowokacyjne i wpływ zakażenia SARS-CoV-2. N. eng. J. Medicine. 383(6), e38 (2020).
Mouliou, DS i Gourgoulianis, KI Fałszywie dodatnie i fałszywie ujemne wyniki testów na COVID-19: strategie zapobiegania chorobom układu oddechowego i zarządzania nimi, szczepienia i dalsze perspektywy. Mouliou, DS i Gourgoulianis, KI Fałszywie dodatnie i fałszywie ujemne wyniki testów na COVID-19: strategie zapobiegania chorobom układu oddechowego i zarządzania nimi, szczepienia i dalsze perspektywy. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Ложноположительные i ложноотрицательные случаи COVID-19: респираторная профилактик и стратегии лечения, вакцинация i dalьнейшие перспективы. Mouliou, DS i Gourgoulianis, KI Fałszywie pozytywne i fałszywie negatywne wyniki testów na COVID-19: strategie zapobiegania chorobom układu oddechowego i ich leczenia, szczepienia i dalsze działania.Muliu, DS i Gurgulianis, KI Fałszywie dodatnie i fałszywie ujemne przypadki COVID-19: strategie zapobiegania i leczenia chorób układu oddechowego, szczepienia i droga naprzód. Ekspert Reverend Respire. medycyna. 15(8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. i Konstantinos, G. Diagnoza COVID-19 na oddziale ratunkowym: Widzieć drzewo, ale tracić las. Mouliou, DS, Ioannis, P. i Konstantinos, G. Diagnoza COVID-19 na oddziale ratunkowym: Widzieć drzewo, ale tracić las.Mouliou, DS, Ioannis, P. i Konstantinos, G. Diagnoza COVID-19 na oddziale ratunkowym: zobacz drzewo, zgub las.Muliou DS, Ioannis P. i Konstantinos G. Diagnoza COVID-19 na oddziałach ratunkowych: za mało lasu dla drzew. Appear. medicine. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. i in. Walidacja i walidacja wydajności analitycznej i klinicznej testu Abbott RealTime SARS-CoV-2. J. Clinical. Virus. 129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. i Aflatoonian, B. Porównanie pięciu zestawów starterów z różnych regionów genomu COVID-19 w celu wykrycia zakażenia wirusem metodą konwencjonalnej RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. i Aflatoonian, B. Porównanie pięciu zestawów starterów z różnych regionów genomu COVID-19 w celu wykrycia zakażenia wirusem metodą konwencjonalnej reakcji RT-PCR.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. i Aflatunyan, B. Porównanie pięciu zestawów starterów z różnych regionów genomu COVID-19 w celu wykrywania infekcji wirusowej metodą konwencjonalnej reakcji RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自COVID-19不同基因组区域的五个引物组,用于通过常规RT-PCR 检测病毒感染. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. i Aflatoonian, B. Porównanie 5 różnych regionów genetycznych COVID-19 w celu wykrycia zakażenia wirusowego metodą konwencjonalnej reakcji RT-PCR.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. i Aflatunyan B. Porównanie pięciu zestawów starterów z różnych regionów genomu COVID-19 w celu wykrywania infekcji wirusowej metodą konwencjonalnej RT-PCR.Iran. J. Mikrobiologia. 12(3), 185 (2020).
Goertzer, I. i in. Wstępne wyniki krajowego programu zewnętrznej oceny jakości wykrywania sekwencji genomu SARS-CoV-2. J. Clinical. Virus. 129, 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. i in. Analityczna ocena skuteczności pięciu zestawów RT-PCR w przypadku koronawirusa zespołu ciężkiej ostrej niewydolności oddechowej 2. J. Clinical. laboratory. anus. 35(1), e23643 (2021).
Wang B. i in. Ocena siedmiu dostępnych w Chinach komercyjnie zestawów do wykrywania RNA SARS-CoV-2 w oparciu o reakcję łańcuchową polimerazy (PCR) w czasie rzeczywistym. kliniczny. chemiczny. laboratoryjny. medycyna. 58(9), e149–e153 (2020).
van Casteren, PB i in. Porównanie siedmiu komercyjnych zestawów diagnostycznych RT-PCR COVID-19. J. Clinical. Virus. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu i in. Porównanie skuteczności diagnostycznej dwóch zestawów PCR do wykrywania kwasów nukleinowych SARS-CoV-2. J. Clinical. laboratory. anus. 34(10), e23554 (2020).
Lefart, PR itd. Badanie porównawcze czterech platform do testowania amplifikacji kwasu nukleinowego (NAAT) SARS-CoV-2 wykazało, że wydajność ID NOW była znacząco obniżona w zależności od pacjenta i rodzaju próbki. diagnoza. mikrobiologia. Infect. diss. 99(1), 115200 (2021).
Cząsteczka Abbott. Ulotka dołączona do opakowania analizy SARS-CoV-2 w czasie rzeczywistym firmy Abbott. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay. 1-12. (Stan na 10 sierpnia 2020 r.) (2020).
Klein, S. i in. Izolacja RNA SARS-CoV-2 przy użyciu koralików magnetycznych do szybkiego wykrywania na dużą skalę metodą RT-qPCR i RT-LAMP. Virus 12(8), 863 (2020).
Czas publikacji: 08-12-2022
Ustawienia prywatności