中文网站 
Dziękujemy za odwiedzenie Nature.com.Używasz wersji przeglądarki z ograniczoną obsługą CSS.Aby uzyskać najlepsze wrażenia, zalecamy korzystanie ze zaktualizowanej przeglądarki (lub wyłączenie trybu zgodności w Internet Explorerze).Ponadto, aby zapewnić stałe wsparcie, pokazujemy witrynę bez stylów i JavaScript.
Wyświetla jednocześnie karuzelę trzech slajdów.Użyj przycisków Wstecz i Dalej, aby przechodzić między trzema slajdami jednocześnie, lub użyj przycisków suwaków na końcu, aby przechodzić między trzema slajdami jednocześnie.
Od wybuchu choroby koronawirusowej (COVID-19) w 2019 r. na całym świecie opracowano wiele komercyjnych testów amplifikacji kwasów nukleinowych (NAAT), które stały się standardowymi testami.Chociaż szybko opracowano kilka testów i zastosowano je w laboratoryjnych testach diagnostycznych, wydajność tych testów nie została oceniona w różnych ustawieniach.Dlatego to badanie miało na celu ocenę wydajności testów Abbott SARS-CoV-2, Daan Gene, BGI i Sansure Biotech przy użyciu Composite Reference Standard (CRS).Badanie przeprowadzono w Etiopskim Instytucie Zdrowia Publicznego (EPHI) od 1 do 30 grudnia 2020 r. Wyekstrahowano 164 próbki z jamy nosowo-gardłowej przy użyciu minizestawu QIAamp RNA i systemu przygotowania próbek DNA firmy Abbott.Spośród 164 próbek 59,1% było pozytywnych, a 40,9% było negatywnych dla CRS. Pozytywny wynik uzyskany przez Sansure Biotech był istotnie niski w porównaniu z CRS (p < 0,05). Pozytywny wynik uzyskany przez Sansure Biotech był istotnie niski w porównaniu z CRS (p < 0,05). Положительные результаты Sansure Biotech были значительно ниже по сравнению с CRS (p < 0,05). Pozytywne wyniki Sansure Biotech były znacznie niższe w porównaniu z CRS (p < 0,05).与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0,05）.与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0,05）. У Sansure Biotech было значительно меньше положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Firma Sansure Biotech miała znacznie mniej pozytywnych wyników w porównaniu z CRS (p < 0,05).Ogólna zgodność czterech analiz wyniosła 96,3–100% w porównaniu z CRS.Oprócz niskiego wskaźnika pozytywnych wyników testu Sansure Biotech, wydajność czterech testów była prawie porównywalna.W związku z tym test Sansure Biotech [Research Only (RUO)] wymaga dodatkowej walidacji pod kątem jego stosowania w Etiopii.Na koniec należy rozważyć dodatkowe badania w celu oceny testów z odpowiednimi oświadczeniami producenta.
Testy laboratoryjne są częścią Strategicznego planu Światowej Organizacji Zdrowia (WHO) dotyczącego choroby koronawirusowej 2019 (COVID-19), gotowości i reagowania (SPRP).WHO przypomina, że kraje muszą budować zdolności laboratoryjne w celu poprawy gotowości, właściwego zarządzania przypadkami, czujności i szybkiego reagowania na wyzwania związane ze zdrowiem publicznym.Sugeruje to, że rola laboratorium jest kluczowa dla scharakteryzowania choroby i epidemiologii pojawiających się czynników zakaźnych oraz kontrolowania ich rozprzestrzeniania się.
Rozpoznanie COVID-19 wymaga informacji epidemiologicznych i medycznych, osobistych objawów/oznak oraz danych radiograficznych i laboratoryjnych2.Odkąd w Wuhan w Chinach zgłoszono wybuch epidemii COVID-19, na całym świecie opracowano wiele komercyjnych testów amplifikacji kwasów nukleinowych (NAAT).Łańcuchowa reakcja polimerazy z odwrotną transkrypcją w czasie rzeczywistym (rRT-PCR) została wykorzystana jako rutynowa i standardowa metoda laboratoryjnej diagnostyki zespołu ciężkiej ostrej niewydolności oddechowej 2 (SARS-CoV-2)3.Wykrywanie molekularne SARS-CoV-2 jest zwykle oparte na genach N (gen białka nukleokapsydu), E (gen białka otoczki) i RdRp (gen polimerazy RNA zależnej od RNA) w ORF1a/b (otwarta ramka odczytu 1a/b) .gen) region zidentyfikowany z genomu wirusa.Uważa się je za główne konserwatywne regiony występujące w genomach wirusów do rozpoznawania wirusów4.Wśród tych genów geny RdRp i E mają wysoką analityczną czułość wykrywania, podczas gdy gen N ma niską czułość analityczną5.
Wydajność testów PCR może się różnić w zależności od różnych czynników, takich jak: odczynniki do ekstrakcji, odczynniki do amplifikacji/detekcji, metoda ekstrakcji, jakość aparatu PCR i innych urządzeń.Od kwietnia 2020 r. ponad 48 różnych urządzeń diagnostycznych z dziewięciu krajów otrzymało autoryzację do użytku awaryjnego (EUA) do diagnostyki COVID-196.W Etiopii ponad 14 platform PCR w czasie rzeczywistym jest używanych do wykrywania SARS-CoV-2 metodą PCR w 26 instytucjach zdrowia publicznego, w tym ABI 7500, Abbott m2000, Roche 48000 i Quant-studio7.Ponadto dostępne są różne zestawy testów PCR, takie jak test Daan Gene, test Abbott SARS-CoV-2, test Sansure Biotech i test SARS-CoV-2 BGI.Chociaż rRT-PCR jest bardzo czuły, niektórzy pacjenci z COVID-19 zgłaszają wyniki fałszywie ujemne z powodu niewystarczającej liczby kopii wirusowego kwasu rybonukleinowego (RNA) w próbkach z powodu niewłaściwego pobierania, transportu, przechowywania i obsługi oraz testów laboratoryjnych.warunki i działania personelu8.Ponadto niewłaściwe obchodzenie się z próbką lub kontrolą, ustawienie progu cyklu (Ct) i reaktywność krzyżowa z innymi patogennymi kwasami nukleinowymi lub nieaktywnym/resztkowym RNA SARS-CoV-2 może prowadzić do fałszywie dodatnich wyników w testach rRT-PCR9.Tak więc jasne jest, że testy PCR mogą rzeczywiście identyfikować nosicieli fragmentów genów, ponieważ nie potrafią nawet rozróżnić naprawdę aktywnych genów wirusowych, więc testy mogą jedynie identyfikować nosicieli, a nie pacjentów10.Dlatego ważne jest, aby oceniać wydajność diagnostyczną przy użyciu standardowych metod w naszych warunkach.Chociaż wiele odczynników NAAT jest dostępnych w Etiopskim Instytucie Zdrowia Publicznego (EPHI) i na terenie całego kraju, nie przedstawiono jeszcze żadnej porównawczej oceny ich skuteczności.Dlatego to badanie miało na celu ocenę porównawczą wydajności dostępnych na rynku zestawów do wykrywania SARS-CoV-2 metodą rRT-PCR przy użyciu próbek klinicznych.
Do badania włączono łącznie 164 uczestników z podejrzeniem COVID-19.Większość próbek pochodziła z ośrodków leczenia (118/164 = 72%), podczas gdy pozostałe 46 (28%) uczestników pochodziło z ośrodków niebędących ośrodkami leczenia.Wśród uczestników nieleczonych w ośrodku 15 (9,1%) miało klinicznie podejrzane przypadki, a 31 (18,9%) miało kontakty z potwierdzonymi przypadkami.Dziewięćdziesięciu trzech (56,7%) uczestników stanowili mężczyźni, a średni (± SD) wiek uczestników wynosił 31,10 (± 11,82) lat.
W tym badaniu określono dodatnie i ujemne wskaźniki czterech testów na COVID-19.Tak więc pozytywne odsetki testów Abbott SARS-CoV-2, Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI i Sansure Biotech 2019-nCoV wyniosły odpowiednio 59,1%, 58,5%, 57,9% i 55,5%. .Pozytywne i negatywne wyniki złożonego standardu referencyjnego (CRS) wyniosły odpowiednio 97 (59,1%) i 67 (40,9%) (Tabela 1).W tym badaniu definicja CRS opierała się na zasadzie „wszelkiego pozytywnego wyniku”, zgodnie z którą z czterech wyników testu dwa lub więcej wyników, które dały ten sam wynik, uznano za prawdziwie pozytywne lub negatywne.
W tym badaniu znaleźliśmy ujemną zgodność procentową (NPA) wynoszącą 100% (95% CI 94,6–100) dla wszystkich analiz w porównaniu z CRS.Analiza firmy Sansure Biotechnology wykazała minimalny PPA na poziomie 93,8% (95% CI 87,2-97,1), a analiza Daan Gene 2019-nCoV wykazała ogólną zgodność na poziomie 99,4% (95% CI 96,6-99,9).Natomiast ogólna zgodność między testem SARS-CoV-2 BGI a testem Sansure Biotech 2019-nCoV wyniosła odpowiednio 98,8% i 96,3% (Tabela 2).
Współczynnik zgodności kappa Cohena między wynikami testu CRS i Abbott SARS-CoV-2 był w pełni zgodny (K = 1,00).Podobnie wartości kappa Cohena wykryte przez Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI i Sansure Biotech 2019-nCoV są również w pełni zgodne z CRS (K ≥ 0,925).W tej analizie porównawczej test chi-kwadrat (test McNemara) wykazał, że wyniki testu Sansure Biotech 2019-nCoV znacznie różniły się od wyników CRS (p = 0,031) (Tabela 2).
Jak pokazano na ryc.1 odsetek najniższej wartości Ct (< 20 Ct) w teście Abbott SARS-CoV-2 (połączenie RdRp i genu N) wyniósł 87,6%, a wartość Ct genu ORF1a/b w teście Sansure Biotech 2019-nCoV wykazała, że odsetek niskich Wartość Ct (< 20 Ct) wynosiła 50,3%, a wysoka wartość Ct (36–40 Ct) wynosiła 3,2%. 1 odsetek najniższej wartości Ct (< 20 Ct) w teście Abbott SARS-CoV-2 (połączenie RdRp i genu N) wyniósł 87,6%, a wartość Ct genu ORF1a/b w teście Sansure Biotech 2019-nCoV wykazała, że odsetek niskich Wartość Ct (< 20 Ct) wynosiła 50,3%, a wysoka wartość Ct (36–40 Ct) wynosiła 3,2%.Jak pokazano na ryc.1, процент наименьшего значения Ct (< 20 Ct) анализа Abbott SARS-CoV-2 (комбинированный ген RdRp и N) составил 87,6%, а значение Ct гена ORF1a/b анализа Sansure Biotech 2019-nCoV показало что процент низкого значения Ct (< 20 Ct) составлял 50,3%, а высокое значение Ct (36–40 Ct) составляло 3,2%. 1, odsetek analizy najniższej wartości Ct (< 20 Ct) dla Abbott SARS-CoV-2 (połączony gen RdRp i N) wyniósł 87,6%, a wartość Ct analizy genu ORF1a/b firmy Sansure Biotech 2019-nCoV wykazała że odsetek niskiej wartości Ct (< 20 Ct) stanowił 50,3%, a wysokiej wartości Ct (36–40 Ct) 3,2%.如 图 1 所 示, Abbott SARS-COV-2 检测 （结合 RDRP 和 n 基因） 的 最 低 ct 值 百分比 （<20 ct） 为 87,6%, Sansure biotechn值(< 20 Ct) 的百分比为50,3%, 高Ct 值(36–40 Ct) 的百分比为3,2%。 Jak pokazano na rycinie 1, najniższy procent wartości Ct (< 20 Ct) testu Abbott SARS-CoV-2 (połączenie genu RdRp i N) wynosi 87,6%, wartość Ct genu ORF1a/b testu Sansure Biotech 2019-nCoV wykazuje niski procent Ct?(< 20 Ct) ? wynosi 50,3%, procent ?Ct?(36-40 Ct)? wynosi 3,2%. Как показано на рисунке 1, анализ Abbott SARS-CoV-2 (сочетающий гены RdRp и N) имел самое низкое процентное значение Ct (< 20 Ct) в размере 87,6%, а значение Ct гена ORF1a/b в исследовании Sansure Biotech 2019 - Анализ nCoV показал низкий Ct. Jak pokazano na rycinie 1, test Abbott SARS-CoV-2 (łączący geny RdRp i N) miał najniższą procentową wartość Ct (< 20 Ct) na poziomie 87,6%, podczas gdy wartość Ct genu ORF1a/b w Sansure Badanie Biotech 2019 – Analiza nCoV wykazała niski Ct. Процент значений (< 20 Ct) составил 50,3%, a процент высоких значений Ct (36–40 Ct) составил 3,2%. Odsetek wartości (< 20 Ct) wynosił 50,3%, a odsetek wysokich wartości Ct (36–40 Ct) 3,2%.Test Abbott SARS-CoV-2 B zarejestrował wartości Ct powyżej 30. Z drugiej strony, w teście BGI SARS-CoV-2 gen ORF1a/b miał wysoką wartość Ct (> 36 Ct) procent wyniósł 4% (ryc. 1). Z drugiej strony, w teście BGI SARS-CoV-2 gen ORF1a/b miał wysoką wartość Ct (> 36 Ct) procent wyniósł 4% (ryc. 1). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a/b имел высокое значение Ct (> 36 Ct), процент которого составлял 4% (ryc. 1). Z kolei w analizie BGI SARS-CoV-2 gen ORF1a/b miał wysoką wartość Ct (> 36 Ct), której odsetek wyniósł 4% (ryc. 1).另一方面，在BGI SARS-CoV-2 检测中，ORF1a/b 基因具有高Ct （> 36 Ct）的百分比为4%（图1）. Z kolei w detekcji BGI SARS-CoV-2 odsetek genu ORF1a/b o wysokiej wartości Ct (>36 Ct) wynosi 4% (ryc. 1). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 процент генов ORF1a/b с высокими значениями Ct (>36 Ct) составил 4% (ryc. 1). Z kolei w analizie BGI SARS-CoV-2 odsetek genów ORF1a/b o wysokich wartościach Ct (>36 Ct) wyniósł 4% (ryc. 1).
W tym badaniu pobraliśmy 164 próbki z nosogardzieli.We wszystkich typach testów izolację i amplifikację RNA przeprowadzono przy użyciu metod i zestawów zalecanych przez odpowiednich producentów.
To badanie wykazało, że test Abbotta na SARS-CoV-2 ma taką samą skuteczność wykrywania jak CRS, ze 100% dodatnią, ujemną i ogólną zgodnością.Zgoda kappa Cohena wynosi 1,00, co wskazuje na pełną zgodność z CRS.Podobne badanie przeprowadzone przez University of Washington w USA wykazało, że ogólna czułość i swoistość testu Abbotta dla SARS-CoV-2 wynosiła odpowiednio 93% i 100% w porównaniu z testem laboratoryjnym (LDA) CDC .11. System wykrywania SARS-CoV-2 firmy Abbott opiera się na jednoczesnym łączonym wykrywaniu genów N i RdRp, ponieważ oba geny są bardziej czułe, co minimalizuje liczbę wyników fałszywie ujemnych12.Badanie przeprowadzone w Wiedniu w Austrii wykazało również, że duże objętości próbek ekstrakcyjnych i objętości eluentów do detekcji minimalizowały efekty rozcieńczania i zwiększały skuteczność wykrywania13.Zatem idealne dopasowanie firmy Abbott do testu SARS-CoV-2 można powiązać z platformowym systemem wykrywania, który jednocześnie wykrywa geny kombinatoryczne, ekstrahuje dużą liczbę próbek (0,5 ml) i wykorzystuje dużą ilość eluentu (40 µl).
Nasze wyniki pokazały również, że skuteczność wykrywania testu genetycznego Daan była prawie taka sama jak w przypadku CRS.Jest to zgodne z badaniem14 przeprowadzonym na Uniwersytecie Anhui w Huainan w Chinach i twierdzeniem producenta o 100% pozytywnej zgodzie.Pomimo doniesień o spójnych wynikach, jedna próbka była fałszywie ujemna po ponownym przetestowaniu tego samego eluatu, ale była dodatnia w testach Abbott SARS-CoV-2 i Sansure Biotech nCoV-2019.Sugeruje to, że mogą występować różnice w wynikach różnych typów testów. Niemniej jednak w badaniu przeprowadzonym w Chinach15 wynik testu Daan Gene był istotnie różny (p < 0,05) w porównaniu z ich laboratoryjnym testem referencyjnym. Niemniej jednak w badaniu przeprowadzonym w Chinach15 wynik testu Daan Gene był istotnie różny (p < 0,05) w porównaniu z ich laboratoryjnym testem referencyjnym. Тем нене, в исследовании, проведенном в китаniej15, резлльтатsecji аализаза daan gene значитerbety. Jednak w badaniu przeprowadzonym w Chinach15 wynik analizy Daan Gene różnił się istotnie (p < 0,05) od ich laboratoryjnej analizy referencyjnej.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异p < 0.0.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差 <0.0 Однако в исследовании, проведенном в Китае15, результаты генетического теста Daan значительно отличались (p < 0,05) по сравнению с его эталонным лабораторным тестом. Jednak w badaniu przeprowadzonym w Chinach15 wyniki testu genetycznego Daana były istotnie różne (p < 0,05) w porównaniu z referencyjnym testem laboratoryjnym.Ta rozbieżność może wynikać z czułości testu referencyjnego do wykrywania SARS-CoV-2, a dalsze badania mogą być ważne w celu ustalenia przyczyny.
Ponadto w naszym badaniu oceniono porównawczą wydajność testu SARS-CoV-2 BGI z CRS, wykazując doskonałą zgodność procentową dodatnią (PPA = 97,9%), zgodność procentową ujemną (NPA = 100%) i ogólną zgodność procentową według płci ( OPA).).= 98,8%).Wartości Kappa Cohena wykazały dobrą zgodność (K = 0,975).Badania przeprowadzone w Holandii16 i Chinach15 wykazały spójne wyniki.Test SARS-CoV-2 BGI jest testem wykrywania pojedynczego genu (ORF1a/b) przy użyciu 10 µl eluatu do amplifikacji/detekcji.Pomimo dobrej zgodności statystycznej z naszymi wynikami referencyjnymi, w analizie pominięto dwie próbki pozytywne (1,22%) z całej próby.Może to mieć ogromne implikacje kliniczne dla dynamiki transmisji zarówno na poziomie pacjenta, jak i społeczności.
Inną analizą porównawczą uwzględnioną w tym badaniu był test Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO);ogólny odsetek dopasowania wyniósł 96,3%.O sile zgodności decydowała również wartość Kappa Cohena, która wyniosła 0,925, co wskazuje na pełną zgodność z CRS.Ponownie, nasze wyniki są identyczne z badaniami przeprowadzonymi na Central South University w Changsha w Chinach oraz w Departamencie Laboratorium Klinicznego Szpitala Ludowego Liuzhou w mieście Liuzhou w Chinach17. Mimo że zarejestrowano powyższą dobrą zgodność statystyczną, test chi-kwadrat (test MacNemara) wykazał, że wynik testu Sansure Biotech miał statystycznie istotną różnicę w porównaniu z CRS (p < 0,005). Mimo że zarejestrowano powyższą dobrą zgodność statystyczną, test chi-kwadrat (test MacNemara) wykazał, że wynik testu Sansure Biotech miał statystycznie istotną różnicę w porównaniu z CRS (p < 0,005). Несмотря на то, что было зафиксировано указанное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий Макнемара) показал, что результат анализа Sansure Biotech имеет статистически значимое различие по сравнению с CRS (p < 0,005). Chociaż zarejestrowano dobrą zgodność statystyczną powyżej, test chi-kwadrat (test McNemara) wykazał, że wynik testu Sansure Biotech miał statystycznie istotną różnicę w porównaniu z CRS (p < 0,005).尽管 记录 了 上述 良好 的 统计 一致性 ， 但 检验 （MacNemar 检验） 表明, Sansure Biotech 检测 的 与 与 crs 相比 具有 显着 差异 （p <0,005）。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致 性 但 检验 （（MacNemar 检验 表明, Sansure Biotech 检测 与 与 Crs 相比 具有 （（（P <0,005 。。。。。。。。。。。。。。。。 。。。）））） Несмотря на отмеченное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий Макнемара) показал статистически значимую разницу (p < 0,005) между анализом Sansure Biotech и CRS. Pomimo dobrej zgodności statystycznej odnotowanej powyżej, test chi-kwadrat (test McNemara) wykazał statystycznie istotną różnicę (p < 0,005) między testem Sansure Biotech a CRS.Stwierdzono, że sześć próbek (3,66%) było fałszywie ujemnych w porównaniu z CRS (tabela uzupełniająca 1);jest to bardzo ważne, zwłaszcza biorąc pod uwagę dynamikę transmisji wirusa.Powyższe dane również potwierdzają ten niski wskaźnik wykrywalności15.
W tym badaniu wartości Ct określono dla każdego testu i odpowiedniej platformy, przy czym najniższa średnia wartość Ct została zgłoszona w teście Abbott SARS-CoV-2.Wynik ten może być powiązany z jednoczesnym połączonym systemem testów genetycznych firmy Abbott do wykrywania SARS-CoV-2.Dlatego, zgodnie z Ryc. 1, 87,6% wyników Abbott SARS-CoV-2 miało wartości Ct poniżej 20. Tylko niewielka liczba wyników próbek (12,4%) mieściła się w zakresie 20-30.Nie zarejestrowano wartości Ct powyżej 30.Oprócz wykorzystania przez firmę Abbott formatu panelowego testu genetycznego SARS-CoV-2, wynik ten może być związany z dolną granicą wykrywalności (32,5 kopii RNA/ml)18, która jest trzykrotnie niższa niż dolna granica firmy wynosząca 100 kopii RNA /ml.ml)19.
To badanie ma pewne ograniczenia: po pierwsze, nie dysponujemy standardowymi/referencyjnymi metodami [takimi jak miano wirusa lub inne testy laboratoryjne (LDA)] ze względu na brak zasobów.Po drugie, wszystkie próbki użyte w tym badaniu były wymazami z jamy nosowo-gardłowej, podczas gdy wyniki nie miały zastosowania do innych typów próbek, a po trzecie, nasza próbka była niewielka.
W tym badaniu porównano wydajność czterech testów rRT-PCR dla SARS-CoV-2 przy użyciu próbek z jamy nosowo-gardłowej.Wszystkie testy wykrywające miały prawie porównywalną wydajność, z wyjątkiem testu Sansure Biotech. Poza tym w teście Sansure Biotech stwierdzono niski odsetek pozytywnych wyników w porównaniu z CRS (p < 0,05). Poza tym w teście Sansure Biotech stwierdzono niski odsetek pozytywnych wyników w porównaniu z CRS (p < 0,05). Кроме того, в тесте Sansure Biotech был выявлен низкий процент положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Ponadto test Sansure Biotech wykazał niski odsetek wyników pozytywnych w porównaniu z CRS (p < 0,05).此外，与CRS相比，Sansure Biotech检测的阳性率较低(p <0.05)。此外，与CRS相比，Sansure Biotech检测的阳性率较低(p <0.05)。 Кроме того, анализ Sansure Biotech имел более низкий уровень положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Ponadto test Sansure Biotech miał niższy wskaźnik pozytywnych wyników w porównaniu z CRS (p < 0,05).Analiza firmy Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO) dotycząca PPA, NPA i ogólnej zgodności przekroczyła 93,5% przy wartości zgodności Cohena Kappa na poziomie 0,925.Wreszcie test Sansure Biotech Assay (RUO) wymaga dalszej walidacji do użytku w Etiopii i należy rozważyć dodatkowe badania w celu oceny oświadczeń poszczególnych producentów.
Projekt badania porównawczego przeprowadzono w czterech placówkach zdrowotnych w Addis Abebie, szpitalu Eka Kotebe, Centrum Leczenia Kościoła Millennium, Szpitalu Zewooditu Memorial i Szpitalu Specjalistycznym ds. Gruźlicy św. Piotra.Dane zostały zebrane w okresie od 1 do 31 grudnia 2020 r. Placówki medyczne do tego badania zostały celowo wybrane ze względu na dużą liczbę zachorowań oraz dostępność głównych ośrodków leczniczych w mieście.Podobnie, instrumenty, w tym instrumenty do PCR w czasie rzeczywistym ABI 7500 i Abbott m2000, zostały wybrane zgodnie z zaleceniami producentów odczynników NAAT, a do tego badania wybrano cztery zestawy do wykrywania PCR, ponieważ większość laboratoriów w Etiopii stosowała co najmniej co najmniej czterech z nich.test genowy, test Abbott SARS-CoV-2, test Sansure Biotech, test SARS-CoV-2 BGI wykonany podczas badania).
Testy na obecność SARS-CoV-2 przeprowadzono od 1 do 30 grudnia 2020 r. przy użyciu 3 ml Viral Transport Medium (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, Chiny) od osób objętych dochodzeniem w kierunku COVID-19 skierowanych do EPHI.Próbki z jamy nosowo-gardłowej zostały pobrane przez przeszkolonych zbieraczy i wysłane do EPHI w potrójnych opakowaniach.Przed izolacją kwasu nukleinowego każdej próbce przypisywany jest unikalny numer identyfikacyjny.Ekstrakcja jest przeprowadzana z każdej próbki natychmiast po jej przybyciu przy użyciu ręcznych i automatycznych metod ekstrakcji.Tak więc, do automatycznej ekstrakcji Abbott m2000, z każdej próbki ekstrahowano 1,3 ml (w tym 0,8 ml martwej objętości i 0,5 ml objętości wlotu do ekstrakcji) i przepuszczano przez system przygotowywania próbek DNA firmy Abbott (Abbott Molecular Inc. des Plaines, IL, Stany Zjednoczone).) Partia 96 [92 próbek, dwie kontrole do wykrywania i dwie kontrole bez szablonów (NTC)] została uwzględniona w całym procesie (odzyskanie i wykrycie) dwóch rund SARS-CoV-2 (EUA) w czasie rzeczywistym.górnictwo.Podobnie w przypadku ekstrakcji ręcznej użyj tych samych próbek (w przypadku ekstrakcji automatycznej i wykrywania).Tak więc, podczas całego procesu, 140 µl próbek podzielono na porcje i ekstrahowano przy użyciu zestawu QIAamp Viral RNA Mini Kit (QIAGEN GmbH, Hilden, Niemcy) w partiach po 24 (w tym 20 próbek, dwie kontrole testu i dwa NTC) w ciągu dziewięciu rund.Ręcznie wyekstrahowane eluaty amplifikowano i wykrywano za pomocą termocyklera ABI 7500 przy użyciu testu SARS-CoV-2 BGI, testu Daan Gene i testu Sansure Biotech.
Zautomatyzowana izolacja i oczyszczanie RNA wirusa SARS-CoV-2 przebiega zgodnie z zasadą kulek magnetycznych przy użyciu odczynników do przygotowania próbek DNA firmy Abbott.Inaktywację próbek i solubilizację cząstek wirusa przeprowadza się przy użyciu detergentu zawierającego izotiocyjanian guanidyny w celu denaturacji białka i inaktywacji RNazy.Następnie RNA oddziela się od białka przez rozdzielanie w fazie stałej z użyciem krzemionki, tj. sól guanidyniowa i zasadowe pH buforu do lizy sprzyjają wiązaniu kwasów nukleinowych z krzemionką (SiO2).Etap płukania usuwa pozostałe białka i zanieczyszczenia, tworząc klarowny roztwór.Przezroczyste RNA jest izolowane z mikrocząstek na bazie krzemionki za pomocą pola magnetycznego instrumentu20,21.Z kolei ręczną izolację i oczyszczanie RNA przeprowadza się metodą kolumn wirowych z zastosowaniem wirowania zamiast statywu magnetycznego i separacji mikrocząstek z eluentu.
Test wykrywania SARS-CoV-2 firmy Abbott w czasie rzeczywistym (Abbott Molecular, Inc.) przeprowadzono zgodnie z instrukcjami producenta, który otrzymał EUA19,22 od WHO i FDA.W tym protokole inaktywację próbki przed ekstrakcją przeprowadzono w łaźni wodnej w temperaturze 56 ° C przez 30 minut.Po inaktywacji wirusa przeprowadzono ekstrakcję kwasu nukleinowego na aparacie Abbott m2000 SP z 0,5 ml VTM, stosując system przygotowania próbek DNA Abbott m2000.według producenta.Amplifikację i detekcję przeprowadzono stosując instrument Abbott m2000 RT-PCR, a podwójną detekcję przeprowadzono dla genów RdRp i N.ROX) i VIC P (zastrzeżony barwnik) do celowania i wykrywania kontroli wewnętrznych, umożliwiając jednoczesne wykrywanie obu produktów amplifikacji 19 .
Metoda wykrywania amplifikacji w tym zestawie opiera się na jednoetapowej technologii RT-PCR.Geny ORF1a/b i N zostały wybrane jako konserwatywne regiony przez Daan Gene Technology w celu wykrycia amplifikacji regionu docelowego.Specyficzne startery i sondy fluorescencyjne (sondy genu N znakowane FAM, sondy ORF1a/b znakowane VIC) zostały zaprojektowane do wykrywania RNA SARS-CoV-2 w próbkach.Końcowy eluent i mieszanki główne przygotowano przez dodanie 5 µl eluentu do 20 µl mieszanki głównej do końcowej objętości 25 µl.Amplifikację i detekcję przeprowadzono jednocześnie na urządzeniu do PCR w czasie rzeczywistym ABI 750024.
Geny ORF1a/b i N wykryto za pomocą zestawu do diagnostyki kwasów nukleinowych Sansure Biotech nCoV-2019 (wykrywanie metodą fluorescencyjnej reakcji PCR).Przygotuj specyficzne sondy dla każdego genu docelowego, wybierając kanał FAM dla regionu ORF1a/b i kanał ROX dla genu N.Do tego zestawu testowego eluent i odczynniki Master Mix są dodawane w następujący sposób: przygotować 30 µl odczynnika Master Mix i 20 µl eluowanej próbki do wykrywania/amplifikacji.Do amplifikacji/detekcji zastosowano PCR w czasie rzeczywistym ABI 750025.
Test SARS-CoV-2 BGI to fluorescencyjny zestaw rRT-PCR w czasie rzeczywistym do diagnozy COVID-19.Region docelowy znajduje się w regionie ORF1a/b genomu SARS-CoV-2, co jest metodą wykrywania pojedynczego genu.Ponadto ludzki gen metabolizmu podstawowego β-aktyna jest regulowanym wewnętrznie genem docelowym.Master mix przygotowuje się przez zmieszanie 20 µl odczynnika master mix i 10 µl wyekstrahowanej próbki RNA w płytce z dołkami26.Do amplifikacji i detekcji zastosowano fluorescencyjny ilościowy PCR w czasie rzeczywistym ABI 7500.Wszystkie amplifikacje kwasu nukleinowego, warunki reakcji PCR dla każdego testu i interpretację wyników przeprowadzono zgodnie z instrukcjami odpowiedniego producenta (tabela 3).
W tej analizie porównawczej nie użyliśmy standardowej metody odniesienia do określenia procentowej zgodności (pozytywnej, negatywnej i ogólnej) ani innych parametrów porównawczych dla czterech analiz.Każde porównanie testów zostało wykonane za pomocą CRS, w tym badaniu CRS został ustalony zgodnie z zasadą „każdy pozytywny”, a wynik został określony, a nie za pomocą jednego testu, wykorzystaliśmy co najmniej dwa dopasowane wyniki testów.Ponadto w przypadku transmisji COVID-19 wyniki fałszywie ujemne są bardziej niebezpieczne niż wyniki fałszywie dodatnie.Dlatego, aby jak najdokładniej powiedzieć „pozytywny” na podstawie wyniku CRS, co najmniej dwa testy muszą być pozytywne, co oznacza, że co najmniej jeden pozytywny wynik prawdopodobnie pochodzi z testu EUA.Tak więc spośród czterech wyników testu dwa lub więcej wyników, które dają ten sam wynik, uznaje się za prawdziwie dodatnie lub ujemne18,27.
Dane zebrano za pomocą ustrukturyzowanych formularzy ekstrakcji danych, wprowadzanie danych i analizę przeprowadzono za pomocą oprogramowania statystycznego Excel i SPSS w wersji 23.0 do statystyk opisowych.Przeanalizowano pozytywną, negatywną i ogólną zgodność procentową, a do określenia stopnia zgodności każdej metody z CRS zastosowano wynik Kappa.Wartości kappa interpretuje się następująco: 0,01 do 0,20 dla zgody umiarkowanej, 0,21 do 0,40 dla zgody ogólnej, 0,41-0,60 dla zgody umiarkowanej, 0,61-0,80 dla zgody zasadniczej i 0,81-0,99 dla zgody pełnej28.
Zezwolenie etyczne uzyskano od Uniwersytetu w Addis Abebie, a wszystkie protokoły eksperymentalne dla tego badania zostały zatwierdzone przez Komisję Rewizyjną ds. Etyki Naukowej Etiopskiego Instytutu Zdrowia Publicznego.Numer referencyjny Licencji etycznej EPHI to EPHI/IRB-279-2020.Wszystkie metody zastosowano zgodnie z zaleceniami i zapisami etiopskich krajowych kompleksowych wytycznych dotyczących leczenia COVID-19.Ponadto od wszystkich uczestników badania uzyskano pisemną świadomą zgodę przed udziałem w badaniu.
Wszystkie dane uzyskane lub przeanalizowane w tym badaniu są zawarte w tym opublikowanym artykule.Dane potwierdzające wyniki tego badania są dostępne u odpowiedniego autora na uzasadnione żądanie.
Światowa Organizacja Zdrowia.Zalecenia dotyczące strategii badań laboratoryjnych w kierunku COVID-19: tymczasowe wytyczne, 21 marca 2020 r. nr WHO/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 (WHO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI Inteligentna diagnoza COVID-19 na oddziale ratunkowym: wszystko w praktyce. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI Inteligentna diagnoza COVID-19 na oddziale ratunkowym: wszystko w praktyce.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. i Gurgulianis, KI Inteligentna diagnoza COVID-19 na oddziale ratunkowym: wszystko w praktyce.Muliou DS, Pantazopoulos I. i Gurgulyanis KI Inteligentna diagnoza COVID-19 na oddziałach ratunkowych: kompleksowa integracja w praktyce.Ekspert Wielebny Respire.lekarstwo.3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL & St George, K. Ocena testu COVID19 ID NOW EUA. Mitchell, SL & St George, K. Ocena testu COVID19 ID NOW EUA.Mitchell, SL i St. George, K. Ocena testu COVID19 ID NOW EUA.Mitchell SL i St. George K. Ocena testu COVID19 ID NOW EUA.J. Kliniczny.Wirus.128, 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
WHO.Laboratoryjne wykrywanie choroby koronawirusowej 2019 (COVID-19) w przypadku podejrzenia choroby u ludzi.https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (dostęp 15 sierpnia 2020 r.) (WHO, 2020).
Udugama, B. i in.Diagnoza COVID-19: choroby i narzędzia testowe.ACS Nano 14 (4), 3822–3835 (2020).
Syed S. i in.Utworzenie Kolegium Patologów Afryki Wschodniej, Środkowej i Południowej – Regionalnej Szkoły Patologii Bliskiego Wschodu i Afryki Południowej.Afryka.J. Lab.lekarstwo.9(1), 1-8 (2020).
Etiopski Instytut Zdrowia Publicznego, Federalne Ministerstwo Zdrowia.Tymczasowa krajowa strategia i wytyczne dotyczące diagnostyki laboratoryjnej COVID-19.https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (dostęp: 12 sierpnia 2020) (EPHI, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. i Kesselheim, AS Fałszywie ujemne testy na wyzwania związane z infekcją SARS-CoV-2 i implikacje. Woloshin, S., Patel, N. i Kesselheim, AS Fałszywie ujemne testy na wyzwania związane z infekcją SARS-CoV-2 i implikacje.Voloshin S., Patel N. i Kesselheim AS Fałszywie ujemne testy na infekcje SARS-CoV-2 i ich konsekwencje.Voloshin S., Patel N. i Kesselheim AS Fałszywie ujemne testy na prowokację i wpływ zakażenia SARS-CoV-2.N. inż.J. Medycyna.383(6), e38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Fałszywie dodatnie i fałszywie ujemne przypadki COVID-19: Strategie profilaktyki i leczenia układu oddechowego, szczepienia i dalsze perspektywy. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Fałszywie dodatnie i fałszywie ujemne przypadki COVID-19: Strategie profilaktyki i leczenia układu oddechowego, szczepienia i dalsze perspektywy. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Ложноположительные и ложноотрицательные случаи COVID-19: респираторная профилактика и стратегии лечения, вакцинация и дальнейшие перспективы. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Fałszywie dodatnie i fałszywie ujemne przypadki COVID-19: strategie zapobiegania i leczenia układu oddechowego, szczepienia i dalsze działania.Muliu, DS i Gurgulianis, KI Fałszywie dodatnie i fałszywie ujemne przypadki COVID-19: strategie profilaktyki i leczenia układu oddechowego, szczepienia i dalsze działania.Ekspert Wielebny Respire.lekarstwo.15(8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Diagnoza COVID-19 na oddziale ratunkowym: Widzenie drzewa, ale utrata lasu. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Diagnoza COVID-19 na oddziale ratunkowym: Widzenie drzewa, ale utrata lasu.Mouliou, DS, Ioannis, P. i Konstantinos, G. Diagnoza COVID-19 na oddziale ratunkowym: zobacz drzewo, zgub las.Muliou DS, Ioannis P. i Konstantinos G. Diagnoza COVID-19 w izbie przyjęć: za mało lasu dla drzew.Zjawić się.lekarstwo.J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. i in.Walidacja i walidacja wydajności analitycznej i klinicznej testu Abbott RealTime SARS-CoV-2.J. Kliniczny.Wirus.129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. i Aflatoonian, B. Porównanie pięciu zestawów starterów z różnych regionów genomu COVID-19 do wykrywania infekcji wirusowej za pomocą konwencjonalnej reakcji RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Porównanie pięciu zestawów starterów z różnych regionów genomu COVID-19 do wykrywania infekcji wirusowej za pomocą konwencjonalnej reakcji RT-PCR.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. i Aflatunyan, B. Porównanie pięciu zestawów starterów z różnych regionów genomu COVID-19 do wykrywania infekcji wirusowej za pomocą konwencjonalnego RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较 来自 COVID-19 不同 基因 组 区域 的 五 个 引物组, 用 于 通过 常规 RT-PCR 检测 病毒 感染。。。。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. i Aflatoonian, B. Porównanie 5 różnych regionów genetycznych COVID-19 do wykrywania infekcji wirusowej za pomocą konwencjonalnej RT-PCR.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. i Aflatunyan B. Porównanie pięciu zestawów starterów z różnych regionów genomu COVID-19 do wykrywania infekcji wirusowej za pomocą konwencjonalnej reakcji RT-PCR.Iranu.J. Mikrobiologia.12(3), 185 (2020).
Goertzer, I. i in.Wstępne wyniki krajowego programu zewnętrznej oceny jakości wykrywania sekwencji genomu SARS-CoV-2.J. Kliniczny.Wirus.129, 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. i in.Analityczna ocena skuteczności pięciu zestawów RT-PCR dla zespołu ciężkiej ostrej niewydolności oddechowej Koronawirus 2. J. Kliniczny.laboratorium.odbyt.35(1), e23643 (2021).
Wang B. i in.Ocena siedmiu dostępnych na rynku zestawów do wykrywania RNA SARS-CoV-2 w Chinach w oparciu o reakcję łańcuchową polimerazy (PCR) w czasie rzeczywistym.kliniczny.Chemiczny.laboratorium.lekarstwo.58(9), e149–e153 (2020).
van Casteren, PB i in.Porównanie siedmiu komercyjnych zestawów diagnostycznych RT-PCR COVID-19.J. Kliniczny.Wirus.128, 104412 (2020).
Lu, Yu i in.Porównanie skuteczności diagnostycznej dwóch zestawów PCR do wykrywania kwasów nukleinowych SARS-CoV-2.J. Kliniczny.laboratorium.odbyt.34(10), e23554 (2020).
Lefart, PR, itp. Badanie porównawcze czterech platform do testowania amplifikacji kwasu nukleinowego (NAAT) SARS-CoV-2 wykazało, że wydajność ID NOW uległa znacznemu pogorszeniu w zależności od pacjenta i typu próbki.diagnoza.mikrobiologia.Infekować.diss.99(1), 115200 (2021).
Cząsteczka Abbotta.Ulotka dołączona do opakowania z analizą SARS-CoV-2 w czasie rzeczywistym firmy Abbott.https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay.1-12.(Stan na 10 sierpnia 2020 r.) (2020).
Klein, S. i in.Izolacja RNA SARS-CoV-2 za pomocą kulek magnetycznych do szybkiego wykrywania na dużą skalę za pomocą RT-qPCR i RT-LAMP.Wirus 12(8), 863 (2020).
Czas postu: grudzień-08-2022